Bioinformatica of Aquakultur

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/320898106.pdf

Hayyyy  fren ,,,,

Yukkkk,, kita bahas bareng tentang Bioinformatika dibidang Budidaya Perikanan “

Apa sih bioinformatika itu ?? penasaran kan….

Yuk , kita simak bareng ,,,

Bioinformatika adalah :: …………

Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan perpaduan antara biologi dan teknologi informasi. Menurut Durso (1997) bioinformatika adalah manajemen dan analisis informasi biologis yang disimpan dalam database.

Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika terutama didukung uleh studi genomik, biologi komputasi, dan teknologi komputer. Menurut Roderick (lihat Hieter & Boguski, 1997), genomik adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis genom. Walaupun belum jelas, secara umum Genomik bisa diartikan sebagai penggunaan informasi genom secara sistematis, dengan data eksperimental baru untuk menjawab permasalahan biologis, medis, maupun industri (Jordan, 1999). 

 

Untuk lebih jelasnya lihat aja rangkuman jurnal “Perbaikan Pertumbuhan Ikan Nila ( Oerochromis niloticux) Dengan Seleksi Famili 

 

        Sebenarnya hubungan antara bioinformatika dengan perbaikan pertumbuhan Ikan Nila dengan Seleksi Alami itu ap yaaa ?? begini critanya ,,,,

Upaya peningkatan produksi ikan Nila terus dilakukan dengan berbagai cara seperi mendatangkan beberapa strain unggul baru dari luar, perbaiikan teknologi perbenihan dan budidaya, serta perbaikan genetik. Perbaikan perbenihan dan budidaya dilakukan dengan menggunakan teknologi maju rekayasa wadah budidaya yang semakin maju. Untuk upaya perbaikan genetic antara lain dilakukan dengan menghasilkan jenis nila”Monosex”, rekayasa genetic dan seleksi secara konvensional untuk menghasilkan strain ikan nila dengan tampilan yang spesifik .

Ikan Nila itu sangat  penting bagi budidaya air tawar ,,,,

Untuk itu perlu didukung ,,,,,, dengan cara apa ??

Dukungan nya dapat berupa pengembangan teknologi budidaya dan perbaikan  mutu genetik nila untuk meningkatkan produksi dan produktivitas dimasa mendatang

 Ada juga lhoooooo cara permuliaan ikan Nila .... nah berikut cara perbaikan mutu genetic untuk meningkatkan produksi dan produktivitas pada ikan nila ::

1.     Dengan melalukan introduksi jenis unggul dari luar sebagai material dasar/genetik untuk perbaikik keragaan ikan lokal dan menggunakannya.

2.    Dengan melakukan persilangan/hibridisasi untuk mendapatkan sifat unggul yang lebih baik dari populasi asal. Hibridisasi adalah memanfaatkan sifat heterois kerena sifat dominan dan heterozigot pada banyak lokus atau interaksi dari alela pada lokus.

3.    Dengan melakukan seleksi terhadap karakter penting. Seleksi merupakan sutau teknik untuk memperbaiki sifat yang terukur (quantitative trait).

4.    Memanfaatkan keunggulan jenis kelamin jantan. Pembentukan jenis jantan dapat dilakukan sebagai berikut :

·      Pemberian hormone melalui pakan atau peredaman

·      Rekayasa genom/androgenesis dengan merusak sifat betina dan ditindak lanjuti dengan diploidisasi

·      Pembentukan pejantan super (YY supermale)

5.    Dengan DNA recombinant/”gene transfer”/”transgenic”. Teknik ini merupakan persilangan pada tingkatan molekuler. Untuk melakukan transfer gen dibutuhkan ‘DNA construct’ yang terdiri dari ‘transgene’ dan ‘promoter’. Pembentukan ikan transgenic melalui transfer ‘DNA construct’ dapat dilakukan dengan metode : ‘microinjection, electoporation, spermadiated transfer, biolistics, viral vectors, lipofectio.

Keragaman genetic beberapa ras ikan nila yang digunakan dalam budidaya telah diteliti dengan menggunakan polimorfisme mitokondria DNA D-loop. Hasil yang diperoleh memperlihatkan adanya enam komposisi haplotipe terdeteksi dengan menggunakan enzim restriksi ( Mbol, Haelll, dan Hinf ).

Kesimpulan :

Mengetahui pentingnya ikan nila bagi budidaya air tawar di INDONESIA maka dukungan pengembangan teknologi budidaya dan perbaikan mutu genetiknya untuk meningkatkan produksi dan produktivitas di masa mendatang sangat dibutuhkan. Dengan hasil positif yang didapat seleksi, seleksi family yang telah dilakukan dapat dijadikan sebagai salah satu program permuliaan ikan nila di Indonesia untuk lingkungan dan sistem budidaya lainnya. Serta adanya dukungan dalm bidang bioinformatika juga mempengaruhi perkembangan ikan nila tersebut

Review MBA bu vi2

Pada jurnal yang terdapat proses nitrifikasi , inilah contoh proses bakteri yang mengalami proses nitrifikasi  :

·         Adapun proses Nitrifikasi yang dilakukan bakteri menurut Educorolla:

Melakukan proses nitrifikasi, yaitu mengoksidasi amoniak menjadi nitrat. Nitrosomonas dan Nitrosococcus (bakteri nitrit) adalah bakteri yang mengoksidasi ammonia (NH3). Prosesnya sebagai berikut:

  

Pertumbuhan Nitrosomonas dirangsang oleh Nitrogen Organik Partikulat yang telah mengalami suatu proses perubahan menjadi ammonium .
 Nitrobacter (bakteri nitrat) adalah bakteri yang mengoksidasi ion nitrit (HNO2). Proses adalah sebagai berikut.
 

Pertumbuhan Nitrobacter sendiri dipengaruhi oleh peningkatan kadar nitrit, sehingga bakteri ini mampu mengoksidasi nitrit menjadi nitrat, selanjutnya seluruh proses kimiawi nitrogen dikontrol oleh reaksi redoks melalui perantara bakteri, akibatnya nitrogen yang ada didalam air laut mengalami tingkat oksidasi yang beragam salah satunya menjadi nitrat. Nitrogen Organik Parikulat yang tersisa merupakan senyawa-senyawa yang tidak dapat di urai kembali oleh bakteri laut anaerobic.

Proses nitrifikasi merupakan suatu proses aerob sehingga keberadaan oksigen sangat penting. Konsentrasi oksigen terlarut yang diperlukan supaya proses nitrifikasi dapat berjalan dengan baik yaitu jika DO minimumnya > 1 mg/L, tetapi bila konsentrasi oksigen terlarut di bawah 1 mg/L maka proses nitrifikasi menjadi lambat

Menurut Ripple 2003 dalam Yuniasari (2009) Adapun faktor-faktor yang mempengaruhi dalam proses nitrifikasi yaitu :

1.      Dissolved oxygen (DO)

2.      Kandungan BOD

3.      pH

4.      Suhu

5.      Rentan terhadap toksin

·         Reaksi reduksi dalam dentrifikasi

Dentrifikasi merupakan suatu proses secara umum digunakan untuk mengurangi senyawa nitrat dan mengkonverensi menjadi nitrit pada akhirnya menjadi gas nitrogen. Pada proses dentrifikasi pembentuka  nitrit hanya sebagai senyawa antara (intermediate) sebelum gas nitrogen , sehingga jumlah konsentrasi nitrit selalu berubah karena tergantung kecepatan laju pengurangan nitrat menjadi nitrit dan dari nitrit menjadi gas nitrogen. Reaksi yang terjadi dalam proses dentrifikasi :

           

            NO₃^-                    NO₂^-               NO        N₂O                N₂

Nitrat (NO₃^-) dan nitrit ( NO₂^-) adalah ion anorganik alami, yang merupakan bagian dari siklus nitrogen. Secara alamiah dalam siklus nitrogen, nitrat akan diubah menjadi nitrit selanjutnya nitrit menjadi gas nitrogen, tetapi jika pada suatu lingkungan tertentu kadar nitrat dan nitrit terlalu banyak atau melebihi ambang batas normal maka akan menganggu siklus nitrogen. Bakteri yang bekerja pada proses dentrifikasi tergolong dalam bakteri anaerobik, yaitu bakteri yang tidak memerlukan oksigen dalam aktivitasnya, bahkan dengan keberadaan oksigen dapat menyebabkan kematian pada beberapa spesies. Pemanfaatan bakteri yang dibutuhkan untuk mereduksi nitrat dapat dilakukan dengan pengkondisian lingkungan yang sesuai dengan habitat mikroba dentrifikasi seperti pemberian nutrisi, kodisi pH, dan suhu.Seluruh mikroba memiliki kemampuan untuk memfungikan segala jenis atom maupun senyawa penerima elektron  ( terminal electron acceptors ) selain dari oksigen. (Hassanudin, 2011)

Pada kondisi anoksik nitrat merupakan senyawa yang cukup potensial untuk menggantikan peran okigen dalam rangka menjaga keberlangsungan proses respirasi yang di lalukan oleh mikroba laut di dalam sel. Dalam merespirasi bahan organik dengan menggunakan nitrat sebagai organic electron terdapat jenis bakteri Heterotrofik , contoh dari bakteri ini adalah  :

1.      Pseudomonas

2.      Zoogloea

3.      Flavobacterium

4.      Alcaligenus

5.      Azotobacter

Contoh bakteri diatas merupakan bakteri yang bersifat parasit dan dalam memperoleh makanan menggunakan proses kimiawi.

Kemampuan bakteri denitrifikasi dalam mereduksi nitrat ditujukkan oleh penurunan konsentrasi senyawa  dalam medium pertumbuhan. Penurunan senyawa nitrat diduga karena adanya penggunaan nitrat sebagai  akseptor electron alternative sebagai pengganti oksigen dalam rantai respirasi pada kondisi oksigen terbatas. Bakteri dentrifikasi dapat menggunakan nitrat, nitrit, nitrit oksida, nitrous oksida sebagai penerima electron terakhir untuk mendapatkan energi.

·         Fiksasi Nitrogen

Semua mikroorganisme mampu melakukan fiksasi nitrogen, dan berasosiasi dengan N bebas yang berasal dari tumbuhan. Nitrogen dari proses fiksasi merupakan sesuatu yang penting dan ekonomis yang dilakukan oleh bakteri genus Rhizobium dengan tumbuhan Leguminosa termasuk Trifollum spp, Gylicene max (soybean), Viciafaba (brand bean), Vigna sinensis (cow pea), Piscera sativam (chick-pea), dan Medicago sativa (lucerna) . Dalam memproduksi nutrient bagi organisme laut, maka diperlukan fiksasi N dari atmosfir. Penelitian yang dilakukan di Eniwetok Atoll, menemukan bahwa bentuk N sangat bervariasi pada air yang mengalir sesudah terumbu karang karena air tersebut sangat miskin nutrient. Sumber N yang berasal dari fiksasi-N di laut berasal dari alga hijau biru Calothnia crustacea . Fiksasi N juga ditemukan pada bakteri anaerobic Thalassia.. Selain itu pentingnya bakteri-bakteri terumbu (reef bacteria) untuk melakukan fiksasi N. Spesies Oscillatoria (Tridrodesmium) dan Richella spp, merupakan spesies yang penting dalam proses asimilasi molekul N. Tetapi N-fiksasi di laut Pasifik sangat kecil terjadi, demikian pula di laut Sargossa jika dibandingkan dengan NH3. Asimilasi molekul N dapat dihitung melalui kebutuhan N dari Oscillatoria thiebantii. Akhir-akhir ini ditemukan simbiosis asosiasi antara bakteri Azospirillum lipoferum dan akar tumbuhan termasuk rumput tropikal Digitaria decumbens, juga jenis rumput tropikal Paspalum notatum mampu melakukan fiksasi N bersama-sama bakteri Azotobacter paspalli di dalam akar. ( http://dc 353.4shared.com/doc/PJPK SPBB/ previw.html)

.

DAFTAR PUSTAKA

1. Yuniasari, Deby. 2009. Pengaruh Pemberian Bakteri Nitrifikasi dan    Denitrifikasi serta Molase dengan C/N Rasio Berbeda Terhadap Profil Kualitas Air, Kelangsungan Hidup, dan Pertumbuhan Udang Windu (Litopenaeus vannamei). {Skripsi}. FakultasPerikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Bogor

2.      Hasanuddin, 2011. Denitrifikasi Air Limbah Industri Amonium Nitrat Menggunakan Reaktor Berbahan Isian Batu Belerang dan Batu Kapur.{Thesis}. Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Bogor

3.      www.educorolla2.blogspot.com/2009/03/respirasi-bakteri.html , di ambil pada tanggal 9 Desember 2011, pukul 19.00

4.      http://dc 353.4shared.com/doc/PJPKSPBB/preview.html. di ambil pada tanggal 16 Desember 20011, pukul 21.00

SIG dan Penginderaan Jauh

jurnal nya dapat di lihat disini : http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/101091723.pdf

PENGGUNAAN PENGINDERAAN JAUH DAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DALAM PENGELOLAAN PERIKANAN TANGKAP SKALA KECIL BERKELANJUTAN 

      Indonesia mempunyai potensi yang besar dalam sumberdaya perikanannya, tetapi belum sepenuhnya masyarakat memanfaatkan sumberdaya perikanan  secara optimal dan lestari, hal ini dikarenakan pengelolaan potensi sumber daya ikan yang kurang terpadu. Sebenarnya banyak wilayah perairan yang mempunyai peluang besar untuk pengembangan dan pemanfaatan sumberdaya perikanan, tetapi kuarang adanya pengenalan lebih jauh tentang informasi yang terkait dengan penangkapan ikan. Perikanan skala kecil (small scale fisheries ) di Indonesia perlu diperhatikan agar potensi penangkapan sumberdaya ikan dapat dihasilkan secara optimal, untuk itu perlu didukung informasi tentang kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi yang akurat tentang daerah penangkapan ikan yang potensial dan sumberdaya pesisir. Salah satu contoh hasil  ilmu pengetahuan dan teknologi yaitu peranan Sistem Informasi Geografis dan Penginderaan jauh ( Inderaja ) dalam pengelolaan sumberdaya pesisir khususnya yang berkaitan dengan perikanan tangkap skala kecil secara berkelanjutan.

     

Apa sih Sistem Informasi  Geografis dan Penginderaan Jauh itu dalam bidang perikanan  ??? 

Sistem Informasi geografis merupakan suatu sistem yang mempunyai basis komputerisasi yang berfungsi untuk menyimpan, mengelola, menganalisis, dan dapat mengaktifkan kembali data yang telah mempunyai referensi keruangan, untuk berbagai tujuan yang berkaitan dengan pemetaan dan perencanaan.SI G dapat mengintegrasikan sistem opersi database seperti query dan analisis statistik dengan keuntungan analisis geografis yang di tawarkan dalam bentuk peta. Sistem Informasi Pemetaan ( informasi spasial ) yang dapat membedakan dengan sistem infomasi yang lainnya seperti contoh database.
 SIG dapat di gunakan untuk menganalisis karakteristik spasial dari data -data yang terdiri dari beberapa lapis digital. Perhitungan perubahan spasial dapat dilakukan melalui analisis tumpang susun ( overllay analysis )

Penginderaan jauh merupakan ilmu dalam interaksi informasi mengenai suatu objek, wilayah atau fenomena yang telah di kaji.Dalam konteks ini akan dibahas gambar-gambar optik yang diperoleh melalui sensor luar angkasa ( space-borne sensors ). Sebagisn besar satelit penginderaan jauh meliputi seluruh permukaan bumi, hal-hal penting untuk fenomena berskala luas seperti sirkulasi air laut, iklim, dan penebangan hutan global. Pemotretan satelit yang dilakukan secara berulang-ulang pada daerah yang sama dapat dilakukan dalam jangka waktu yang lama. Kemampuan seperti ini dapat mensimulasikan bagaimana perubahan yang terjadi dari masa lampau  dan masa yang akan datang.

Kegunaan inderaja dan SIG dalam ekosistem Pesisir dan dalam bidang Perikanan :

1. Data mengenai kandungan klorofil dan suhu permukaan air laut yang diperoleh dari NOAA AVRR yang

    memiliki fungsi sebagai prakiraan perikanan untuk melihat kondisi ikan secara akurat

2. Data Warna Laut

    Memberikan informasi ketersediaan makanan dalam kolom air

3. Data Suhu

    Menggambarkan lingkungan laut

Dengan Teknik boundaries/ fronts/ gradients dari klorofil dan SPL dapat memperoleh hasil yang meningkat antara 70-100% dalam perikanan pelagis/ ikan yang ada di dasar dan ikan-ikan demersal

Manfaatnya Apa donk bagi dunia perikanan ??  

Teknologi SIG dan penginderaan jauh sangat bermanfaat dalam pengelolaan informasi keruangan dalam kondisi perairan. 

SIG akan terus berkembang yang akan digunakan untuk menganalisis secara berturut-turut dan tidak hanya dalam dekskripsi analisis subyek spasial sja tetapi juga dapat digunakan untuk perencanaan lingkungan, penilaian dampak, pengelolaan penginderaan jauh dalam pengelolaan perikanan tangkap skala kecil.


 

Bioinfomatika dalam Dunia Budidaya Ikan

Bioteknologi adalah penggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia.Biokimia mempelajari struktur kimiawi organisme. Rekayasa genetika adalah aplikasi genetik dengan mentransplantasi gen dari satu organisme ke organisme lain. Salah satu contoh dalam Bioinformatika Budidaya Perikanan ini adalah dengan Merekayasa Media. Dengan adanya merekayasa media ini budidaya ikan ataupun udang dapat berkembang dengan baik. Indikator keberhasilan dalam kegiatan budidaya baik budidaya ikan maupun udang adalah survival rate atau tingkat kelulushidupan dan pertumbuhan. Kedua faktor itulah yang terus ditingkatkan melalui rekayasa teknologi untuk menghasilkan produk yang berkualitas. Tingkat kelulushidupan ditingkatkan melalui manipulasi lingkungan dan pertumbuhan ditingkatkan dengan perbaikan nutrisi pakan. Berikut ini adalah beberapa perekayasaan yang telah dilakukan dalam meningkatkan produksi budidaya udang baik di hatchery maupun di tambak.

i. Rekayasa aplikasi imunostimulan dan probiotik untuk budidaya udang

Air baku yang akan digunakan sebagai media pemeliharaan udang di tambak banyak terkontaminasi oleh patogen. Dan pengaruh buruk dari hasil proses pembusukan dari kotoran (bahan organik) juga akan berdampak pada kesehatan udang. Namun pengaruh buruk itu dapat diantisipasi dengan penggunaan probiotik secara tepat baik jenis maupun aplikasinya. Namun demikian faktor lain yang juga berpengaruh terhadap kesehatan udang adalah kondisi cuaca yang bisa mempengaruhi kualitas air dan bisa menyebabkan udang stress dan terganggu kesehatannya. Untuk itu tim perekayasa Balai Budidaya Air Payau telah mencoba untuk mendapatkan teknik yang efektif untuk menanggulangi udang yang stress pada masa perubahan musim atau masa kritis. Hasil perekayasaan menunjukkan bahwa aplikasi pemberian imunostimulan seperti vitamin C dosis tinggi 150 mg/kg pakan dan ekstrak bawang putih sebanyak 5%/kg pakan serta pemberian probiotik 5 - 10 ppm secara rutin dapat meningkatkan kekebalan tubuh dan mencegah udang stress dalam masa kritis dalam menghadapi fluktuasi suhu dan parameter kualitas air yang tinggi akibat perubahan musim.

ii. Teknologi Close System pada bak raceway untuk pemeliharaan calon induk udang vaname Nusantara-1

Sistem resirkulasi tertutup memiliki beberapa manfaat antara lain : biosekuriti dan mengurangi resiko kontaminasi air dari penyakit dan organisme pembawa penyakit dan kestabilan kualitas air lebih terjaga. Sistem ini sangat bergantung kepada penggunaan probiotik untuk mempertahankan kestabilan parameter kualitas airnya. Probiotik diharapkan bisa menekan pertumbuhan bakteri baik dari lingkungan maupun dalam saluran pencernaan yang akan membantu dalam proses pencernaan dan penyerapan dalam usus sehingga diharapkan semua nutrisi bisa terserap dan akan mempercepat pertumbuhan.

Pemeliharaan calon induk dilakukan pada bak raceway (volume 60 m3) dimana pergantian airnya dilakukan dengan cara mengalirkan air buangan dari bak pemeliharaan ke sump tank 1. Selanjutnya dari sump tank 1 air dilewatkan melalui protein skimmer kemudian melalui biofilter masuk ke sump tank 2 dan kemudian dipompa masuk ke bak pemeliharaan. Air media pemeliharaan sebelumnya disterilisasikan dengan menggunaan ozon. Pemberian probiotik dilakukan setiap minggu atau apabila kepadatan bakteri vibryo di bak pemeliharaan telah melebihi 102 cfu/ml. 

iii.Ikan nila sebagi penstabil kualitas air, menekan vibrio Harvey dan menurunkan bahan organik terlarut

Pengelolaan air pada prinsipnya adalah usaha manusia untuk mempertahankan atau meningkatkan daya dukung lingkungan agar udang yang dipelihara dapat tumbuh maksimal dengan energi dan input nutrisi yang minimal.

Udang yang dipelihara dalam tambak akan melepaskan metabolitnya ke kolom air yang juga akan dicemari oleh sisa pakan yang tidak terkonsumsi. Seluruh bahan pakan udang ini akan menimbulkan polusi yang akhirnya dapat menghambat proses metabolisme yang dicirikan dengan stress, pertumbuhan yang lambat, kehilangan nafsu makan, serangan penyakit dan bahkan kematian sebagian atau kematian masal.

Udang hanya mampu menyerap sekitar 30% protein yang diberikan dan mengekskresikan 70% sisanya, sehingga diperlukan biota lain untuk memanfaatkan protein yang trekskresi tersebut. Tim Perekayasa BBAP Situbondo telah berhasil mengkombinasikan ikan nila untuk dipelihara di tambak pembesaran udang vanname. Pemilihan ikan nila sebagai biota pendamping untuk budidaya udang vaname karena nila sebagai ikan omnivora diharapkan bisa memanfaatkan sisa pakan dan hasil matabolit udang sehingga bisa mengurangi unsur N yang terakumulasi dalam perairan. Keuntungan lain, ikan nila memproduksi lendir (mucus), karena dalam mucus ikan nila terdapat glicoprotein, lizozum, immunoglubolin, anhydrase carbonat, lectins, crinotoxins, kalmodulin, C-reaktif protein dan enzimproteolitic yang mampu menekan populasi vibrio harvey yang membahayakan udang dan menurunkan total organik matter (TOM) sehingga parameter kualitas air menjadi stabil. Hasil akhir pengamatan didapatkan bahwa rata-rata SR di tambak yang diberi ikan nila adalah rata 90 + 3 %, size 40 - 45 selama pemelihraan 110 hari .

NcBi

 Pendahuluan 
     Dalam pencarian dari sel-sel hidup merupakan pencarian biologi molekuler modern. Adanya data molekuler dan memiliki pola yang halus menjadi syarat mutlak untuk database komputerisasi dan alat-alat analisis.  Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit. Untuk itu telah di temukan suatu program yaitu (National Center Biotehnology Informasi). Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa  dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D). Adapun NCBI mempunyai alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melaluiTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank.

Tujuan : 
1. Mengetahui Tujuan dari NCBI dan tugas yang dilakukan dalam NCBI
2. Mengetahui program dan kegiatan NCBI

1. a. Tujuan dalam NCbi

 Sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler (NCBI), memiliki tujuan yaitu untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang dijadikan sebagai mengontrol kesehatan dan penyakit. Khususnya, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis. Adanya koordinasi untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, telah dilakukan  penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.

  B. Tugas Yang di lakukan dalam NCBI

    Dalam melakukan tugasnya NCBI telah melakukan tugas sebagai berikut : 

• NCBI melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi  untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama

•  NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan  akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis

• NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta  tata-nama biologi

2. Program dan Kegiatan

a. Penelitian Dasar

          NCBI memiliki kelompok penelitian multi-disiplin yang terdiri dari ilmuwan komputer, ahli biologi molekular, matematikawan, ahli biokimia, dokter penelitian, dan ahli biologi struktural berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. Penelitian ini tidak hanya membuat kontribusi penting untuk ilmu pengetahuan dasar, tetapi memiliki fungsi  sebagai metode baru untuk kegiatan penelitian terapan. Dengan adanya  program NCBI masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematika dan komputasi. Sebuah contoh dari proyek penelitian saat ini meliputi: deteksi dan analisis organisasi gen, pola urutan berulang, domain protein dan elemen struktur, pembuatan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis pengaruh kesalahan sekuensing untuk mencari database, pengembangan algoritma baru untuk mencari database dan beberapa sequence aligment, konstruksi non-berlebihan urutan database, model matematika untuk estimasi signifikansi statistik kesamaan urutan, dan model vektor untuk pencarian teks. Peneliti NCBI memelihara kolaborasi berkelanjutan dengan beberapa lembaga dalam NIH dan juga dengan berbagai laboratorium penelitian akademis dan pemerintah.

b. Database dan Software 
       NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah sebagai contoh : 

• Pewarisan Mendel Online di Man (OMIM)
• Database Modeling Molekuler (MMDB) dari struktur protein 3D
• Koleksi Unik Gene urutan Manusia (UniGene)
• Peta Gene dari Human Genome, 
• Browser taksonomi, 
• Genome Kanker Proyek Anatomi (CGAP), 

Entrez adalah pencarian NCBI dan sistem pencarian yang memberikan pengguna dengan akses terpadu untuk urutan, taksonomi pemetaan,,dan data struktural. Entrez juga menyediakan pemandangan grafis dari urutan dan peta kromosom. Sebuah fitur yang kuat dan unik dari Entrez adalah kemampuan untuk mengambil urutan terkait, struktur, dan referensi.

BLAST adalah program untuk mencari kesamaan urutan dikembangkan di NCBI dan berperan dalam mengidentifikasi gen dan fitur genetik. BLAST dapat mengeksekusi pencarian urutan terhadap database seluruh DNA dalam waktu kurang dari 15 detik. Perangkat lunak tambahan yang disediakan oleh NCBI meliputi: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan BankIt. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari WWW atau FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan cara alternatif untuk mengakses database untuk mencari teks atau mencari urutan kesamaan.

Kesimpulan 
     Adapun kesimpulan yang dapat di ambil dalam mengetahui arti dari National Center Biotehnology Informasi : 
1. NCBI mendorong komunikasi ilmiah di bidang komputer, seperti yang diterapkan untuk   biologi molekuler dan genetika, oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah. 
2. Program NCBI telah dibentuk untuk mendorong kolaborasi dengan para ilmuwan luar sekolah. Posisi postdoctoral fellow tersedia sebagai bagian dari Program Penelitian NIH Intramural.

Sumber ;  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/programs.html

Terjemah dari : http://translate.google.co.id/?hl=id&tab=wT