Bioteknologi adalah penggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia.Biokimia mempelajari struktur kimiawi organisme. Rekayasa genetika adalah aplikasi genetik dengan mentransplantasi gen dari satu organisme ke organisme lain. Salah satu contoh dalam Bioinformatika Budidaya Perikanan ini adalah dengan Merekayasa Media. Dengan adanya merekayasa media ini budidaya ikan ataupun udang dapat berkembang dengan baik. Indikator keberhasilan dalam kegiatan budidaya baik budidaya ikan maupun udang adalah survival rate atau tingkat kelulushidupan dan pertumbuhan. Kedua faktor itulah yang terus ditingkatkan melalui rekayasa teknologi untuk menghasilkan produk yang berkualitas. Tingkat kelulushidupan ditingkatkan melalui manipulasi lingkungan dan pertumbuhan ditingkatkan dengan perbaikan nutrisi pakan. Berikut ini adalah beberapa perekayasaan yang telah dilakukan dalam meningkatkan produksi budidaya udang baik di hatchery maupun di tambak.
i. Rekayasa aplikasi imunostimulan dan probiotik untuk budidaya udang
Air baku yang akan digunakan sebagai media pemeliharaan udang di tambak banyak terkontaminasi oleh patogen. Dan pengaruh buruk dari hasil proses pembusukan dari kotoran (bahan organik) juga akan berdampak pada kesehatan udang. Namun pengaruh buruk itu dapat diantisipasi dengan penggunaan probiotik secara tepat baik jenis maupun aplikasinya. Namun demikian faktor lain yang juga berpengaruh terhadap kesehatan udang adalah kondisi cuaca yang bisa mempengaruhi kualitas air dan bisa menyebabkan udang stress dan terganggu kesehatannya. Untuk itu tim perekayasa Balai Budidaya Air Payau telah mencoba untuk mendapatkan teknik yang efektif untuk menanggulangi udang yang stress pada masa perubahan musim atau masa kritis. Hasil perekayasaan menunjukkan bahwa aplikasi pemberian imunostimulan seperti vitamin C dosis tinggi 150 mg/kg pakan dan ekstrak bawang putih sebanyak 5%/kg pakan serta pemberian probiotik 5 - 10 ppm secara rutin dapat meningkatkan kekebalan tubuh dan mencegah udang stress dalam masa kritis dalam menghadapi fluktuasi suhu dan parameter kualitas air yang tinggi akibat perubahan musim.
ii. Teknologi Close System pada bak raceway untuk pemeliharaan calon induk udang vaname Nusantara-1
Sistem resirkulasi tertutup memiliki beberapa manfaat antara lain : biosekuriti dan mengurangi resiko kontaminasi air dari penyakit dan organisme pembawa penyakit dan kestabilan kualitas air lebih terjaga. Sistem ini sangat bergantung kepada penggunaan probiotik untuk mempertahankan kestabilan parameter kualitas airnya. Probiotik diharapkan bisa menekan pertumbuhan bakteri baik dari lingkungan maupun dalam saluran pencernaan yang akan membantu dalam proses pencernaan dan penyerapan dalam usus sehingga diharapkan semua nutrisi bisa terserap dan akan mempercepat pertumbuhan.
Pemeliharaan calon induk dilakukan pada bak raceway (volume 60 m3) dimana pergantian airnya dilakukan dengan cara mengalirkan air buangan dari bak pemeliharaan ke sump tank 1. Selanjutnya dari sump tank 1 air dilewatkan melalui protein skimmer kemudian melalui biofilter masuk ke sump tank 2 dan kemudian dipompa masuk ke bak pemeliharaan. Air media pemeliharaan sebelumnya disterilisasikan dengan menggunaan ozon. Pemberian probiotik dilakukan setiap minggu atau apabila kepadatan bakteri vibryo di bak pemeliharaan telah melebihi 102 cfu/ml.
iii.Ikan nila sebagi penstabil kualitas air, menekan vibrio Harvey dan menurunkan bahan organik terlarut
Pengelolaan air pada prinsipnya adalah usaha manusia untuk mempertahankan atau meningkatkan daya dukung lingkungan agar udang yang dipelihara dapat tumbuh maksimal dengan energi dan input nutrisi yang minimal.
Udang yang dipelihara dalam tambak akan melepaskan metabolitnya ke kolom air yang juga akan dicemari oleh sisa pakan yang tidak terkonsumsi. Seluruh bahan pakan udang ini akan menimbulkan polusi yang akhirnya dapat menghambat proses metabolisme yang dicirikan dengan stress, pertumbuhan yang lambat, kehilangan nafsu makan, serangan penyakit dan bahkan kematian sebagian atau kematian masal.
Udang hanya mampu menyerap sekitar 30% protein yang diberikan dan mengekskresikan 70% sisanya, sehingga diperlukan biota lain untuk memanfaatkan protein yang trekskresi tersebut. Tim Perekayasa BBAP Situbondo telah berhasil mengkombinasikan ikan nila untuk dipelihara di tambak pembesaran udang vanname. Pemilihan ikan nila sebagai biota pendamping untuk budidaya udang vaname karena nila sebagai ikan omnivora diharapkan bisa memanfaatkan sisa pakan dan hasil matabolit udang sehingga bisa mengurangi unsur N yang terakumulasi dalam perairan. Keuntungan lain, ikan nila memproduksi lendir (mucus), karena dalam mucus ikan nila terdapat glicoprotein, lizozum, immunoglubolin, anhydrase carbonat, lectins, crinotoxins, kalmodulin, C-reaktif protein dan enzimproteolitic yang mampu menekan populasi vibrio harvey yang membahayakan udang dan menurunkan total organik matter (TOM) sehingga parameter kualitas air menjadi stabil. Hasil akhir pengamatan didapatkan bahwa rata-rata SR di tambak yang diberi ikan nila adalah rata 90 + 3 %, size 40 - 45 selama pemelihraan 110 hari .
